プログラムからテキストやCSVファイル等を読み込む為にファイルパスの指定する際、ファイル名のみで読み込むホームディレクトリのことを作業ディレクトリといい、その設定方法は以下の2種類あります。
RGuiを使用している場合は、[ファイル]→[ディレクトリの変更]から任意のディレクトリを選択。
コマンドで変更する場合はプロンプトで、
> setwd("D:/rtmp")
の様に、setwd()関数の引数にディレクトリのパスを代入することで指定します。
また、作業ディレクトリを確認する関数はgetwd()です。
> getwd() [1] "D:/rtmp"
getwd は get work directoryの略かな。
あと、Windowsの場合は作業ディレクトリ設定を恒久的に保存する方法のひとつに、Rgui.exeのショートカットのプロパティの作業フォルダにパスを設定する方法があります。